结构化系统开发方法是迄今为止最传统、应用最广泛的一种系统开发方法。结构化系统开发方法的基本思想是利用系统工程的思想和工程化的方法，以用户至上为原则，按结构化、模块化、自顶向下的方法对系统进行分析与设计。
这种方法将整个信息系统开发过程划分出若干个相对比较独立的阶段，包括系统规划、系统分析、系统设计和系统实施等。采用结构化系统方法开发系统，可以将整个开发过程划分为5个首尾相连的阶段，这5个阶段构成了系统开发的生命周期。
（1）系统规划阶段。系统规划阶段的工作就是要确定信息系统的发展战略，明确企业总的信息需求，制定信息系统建设总计划。
（2）系统分析阶段。系统分析阶段的任务是分析企业业务流程、数据与数据流程、功能与数据之间的关系，并提出新系统逻辑方案。
（3）系统设计阶段。系统设计阶段的任务包括总体结构设计、代码设计、数据库/文件设计、输入输出设计和模块结构与功能设计。与此同时，还要根据总体设计的要求购置与安装设备。
（4）系统实施阶段。系统实施阶段的任务是要按照系统设计成果，组织人员编程，并进行人员培训、数据准备和试运行等工作。
（5）系统运行阶段。系统运行阶段的任务包括系统的日常运行管理、评价、监理审计三部分工作。在运行过程中，系统难免会出现修改、调整和维护，如果出现了不可调和的大问题（这种情况一般是系统运行若干年之后，系统运行的环境已经发生了根本的变化时才可能出现），则用户将会进一步提出开发新系统的要求，这标志着老系统生命的结束、新系统的诞生。
结构化系统开发方法的关键思想就是通过功能分解来减少程序设计的复杂性，增加软件的可重用性以减少开发和维护计算机程序的费用。但在越来越复杂的非数值计算类型的软件开发中，在广泛应用图形界面的交互式应用中，在控制要求非常突出的系统中，使用结构化系统开发方法暴露出了许多弊病。
1）功能与数据分离的软件设计结构与人类的现实世界环境很不一样，和人的自然思维也就不一致了。
2）系统设计是围绕如何实现一定的系统行为来进行的，当系统行为易变时，系统设计修改变为困难。因为这类系统的结构是基于上层模块必须掌握和控制下层模块工作为前提的，因此在底层模块发生变动时，常常会迫不得已地去改变一系列的上层模块，而这种一系列的上层模块的修改本不是当时变动底层模块的目的；同样，在发生需要变动上层模块时，新的上层模块也必须了解它的所有下层模块，编写这样的上层模块当然是极为困难的。
3）在系统的模块中，模块间的控制作用只能通过上下之间的调用关系来进行。这样，当系统中模块之间的控制作用有重要影响时，即实际控制发送到根源来自分散的各模块时，将造成信息传递路径过长、效率低、易受干扰甚至出错。如果允许模块间为进行控制而直接通信，结果则是系统总体结构混乱、难于维护和控制、出错概率高。
4）用这种方法开发出来的系统往往难以维护，主要因为必须知道所有函数的数据结构。
5）自顶向下功能分解的分析设计方法极大地限制了软件的可重用性，导致对同样对象的大量重复性工作，大大降低了开发人员的生产率，减少了他们用于创造性劳动的时间。
随着信息科技的不断进展，软件的复杂性及变动性不断地增加，结构化开发方法由于思维方式的限制，导致其遭遇困境，无法满足用户真正需求，致使软件产品质量不佳。因此，要真正彻底解决软件危机，就要在系统开发方法上做重大思维转移。